エオジンYは酸性色素である。エオジンYは水溶液中でカラーアニオンとして負に荷電しているため正に荷電している細胞質・細胞間質・線維類と結合しこれらを染める。pHの違いにより染色性は変わり、より酸性の液では組織蛋白質の末端基荷電の変化により、その陽性荷電が増加し、負荷電色素と結合しやすくなる。エオジンY溶液に酢酸を少量加えることで染色性が増すのはこのためである。しかし、酢酸を加えすぎると沈殿を生じ、染色性は低下する。